Se encuentra en el Listado de especies de Flora y Fauna amenazadas de Andalucía. Asimismo, está catalogada como casi amenazada, según la IUCN. Es una especie protegida que está incluida en CITES (Comercio Internacional de Especies Amenazadas de Fauna y Flora Silvestres), Convención de Barcelona, Convenio de Berna y OSPAR (Convención para la Protección del Medio Ambiente Marino del Atlántico del Nordeste). Probablemente pronto pase a categoría de peligro de extinción ya que se encuentra en declive.
La destrucción de las praderas marinas a las que están ligados hace que cada vez quede en menos lugares, quedando relegado a pequeños relictos.
En el Mar Menor fue muy abundante históricamente, llegando a ser un emblema de éste; hasta hace unos años que por la presión de las actividades antrópicas ha pasado a encontrarse en peligro crítico en esta zona, ya que ha desaparecido más de un 90% de su población. Todo por la contaminación por vertidos produciendo eutrofización, metales pesados, especies invasoras, aumento de especies depredadoras (principalmente la lubina) y limpieza de las playas con maquinaria (ya que estos se encuentran en lugares de poca profundidad).
Otra amenaza directa es la recolección y su transporte a países asiáticos, debido a que la cultura china le otorga con fines medicinales. Ligado a esto, despierta interés para la acuariofilia marina lo que aumenta el expolio.
Lo que es una importante amenaza es el desconocimiento acerca de esta especie, al no censar correctamente ni tener conocimientos claros sobre su densidad es complicado mejorar la situación en la que se encuentra. Debe decirse que la principal causa es su difícil observación ya que se mimetiza muy bien con el medio. Por ello, se realizó una campaña en la que se marcaron los individuos para contabilizar su recaptura y a algunos se les puso un GPS: para conocer su tasa de crecimiento y su dispersión. ¿Es suficiente? Visto su tendencia negativa y la incertidumbre de como se verá afectada por el cambio climático es cuanto menos dudoso.
En cuanto a medidas de conservación, hay que destacar que se está llevando a cabo cría en cautividad para su posterior liberación. Asimismo, se está desarrollando el proyecto “Hippocampus” buscando un mayor conocimiento de la especie y aumentar su protección en el Mar Menor. Además, se lleva a cabo una divulgación de sensibilización desde el proyecto Caballito de Mar realizado por la Fundación Global Nature. Estos proyectos tienen un claro problema de financiación.
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